Внутри реки хариус использует разные участки в зависимости от возраста, сезона, уровня воды и кормовой ситуации. Для него характерны зоны возле перекатов и быстрых струй, но более крупная рыба может держаться в глубоких плёсах и ямах, используя камни, неровности дна и другие участки с более спокойной водой как укрытие. У сибирского хариуса взрослые рыбы встречаются в холодных средних и крупных реках и озёрах, а для нереста заходят в каменистые притоки.